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Pasta, il tool open source che svela l'età delle cellule
Tre milioni di profili cellulari sono stati analizzati per individuare sostanze e alterazioni genetiche associate all’invecchiamento o al ringiovanimento delle cellule. Il risultato arriva da Pasta, uno strumento open source sviluppato dai ricercatori del Karolinska Institutet e della Stockholm University per stimare l’età biologica relativa attraverso l’attività dei geni. Il metodo è descritto in uno studio pubblicato su Advanced Science il 27 luglio 2026.
Il nome è l’acronimo di Predicting age-shift from transcriptomic analysis. Pasta è un orologio trascrittomico costruito con un metodo di apprendimento basato sulle differenze d’età tra coppie di campioni. Il modello, firmato tra gli altri da Jérôme Salignon e Christian G. Riedel, è stato addestrato su 17.212 profili trascrittomici sani, raccolti da 21 studi e comprendenti 8.113 geni comuni.
Per ridurre la dipendenza dalle tecnologie e dalle procedure usate nei singoli esperimenti, Pasta considera la posizione relativa dell’espressione dei geni. Questa impostazione permette di lavorare con dati bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq e microarray provenienti da tessuti differenti. La validazione ha incluso anche atlanti cellulari di retina, pelle e polmone. Nei confronti sperimentali, il sistema ha superato MultiTIMER in sei degli otto dataset leave-one-dataset-out e in cinque dei sei dataset indipendenti.
I coefficienti del modello risultano arricchiti per processi legati a p53, risposta al danno del DNA e senescenza cellulare. Applicando Pasta a oltre tre milioni di profili del Connectivity Map L1000, i ricercatori hanno inoltre collegato diverse perturbazioni chimiche e genetiche a spostamenti verso firme trascrittomiche più giovani o più anziane. L’analisi indica la traduzione mitocondriale e lo splicing dell’mRNA come possibili determinanti, rispettivamente, dell’invecchiamento e del ringiovanimento cellulare.
Gli esperimenti successivi hanno confermato il pralatrexate come induttore della senescenza. La piperlongumina ha invece prodotto segnali trascrittomici compatibili con un ringiovanimento cellulare. Si tratta di risultati preclinici: lo studio non dimostra che queste sostanze possano rallentare o invertire l’invecchiamento nelle persone, né presenta Pasta come uno strumento terapeutico.
I punteggi calcolati da Pasta hanno mostrato anche associazioni con il grado tumorale e la sopravvivenza in diversi tipi di cancro. Il metodo, però, non è ancora un test clinico validato per i pazienti e le correlazioni osservate richiedono ulteriori verifiche. Il pacchetto R di Pasta, i modelli preaddestrati e le funzioni per elaborare i dati sono già disponibili pubblicamente.
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